El primer asentamiento humano data probablemente del siglo IV o poco antes, en cualquier caso no hay pruebas de que hubiese presencia humana alguna antes del nacimiento de Cristo. Pese a que la distancia entre Madagascar y el punto más cercano de África es de 416 km (cerca de Lumbo, en Mozambique) y que la distancia al punto más cercano de Indonesia (en la isla de Siberut) es de más de 5.500 kilómetros, Madagascar fue colonizado por estos últimos antes que por los africanos.
Por ello los lugareños conservan rasgos asiáticos, costumbres típicas del sureste de Asia y una lengua del tronco malayo-polinesio. Con ellos también llegaron sus animales domésticos, entre los que destaca el cebú, y poco después de su llegada se extinguieron varios animales endémicos de la isla, como el lémur gigante, el ave elefante, el cerdo hormiguero de Madagascar o un hipopótamo pigmeo similar al que se encuentra actualmente en África occidental.
Posteriormente hubo migraciones bantúes desde el continente que se fundieron con la población local, sobre todo en la parte este de la isla. A comienzos de la Edad Media llegaron los primeros comerciantes persas y hacia el año 1000, los árabes. Consecuencia de estos es que la religión mayoritaria en la zona norte de la isla sea el Islam.
Durante los dos siglos siguientes, Portugal, España, Gran Bretaña y Francia intentaron instalarse en la costa, pero fueron expulsados por la resistencia de los nativos, que a finales del siglo XVII se habían unificado bajo el reino de Imerina, con base en la meseta central.
Sin embargo la población local también sufrió, como muchos pueblos africanos, el comercio de esclavos. Así, a modo de ejemplo, esclavos malgaches fueron llevados por europeos al Virreinato del Perú, asentándose principalmente en la costa norte de dicho país en una zona conocida como Piura.
Actualmente en Perú, descendientes de aquellos esclavos son conocidos como «mangaches» por una corrupción del idioma en el tiempo. Incluso existe en Perú un lugar bautizado como «Hacienda Malakasy» que data de la época en que los malgaches fueron explotados en el cultivo del campo y que evoca el nombre de su país de origen pero pronunciado en su propio idioma. Estos descendientes de malgaches conservan aún en muchos casos los rasgos afro-indonesios originarios. Su imbricación con el Perú fue tan fuerte que contribuyeron a la cultura de este país creando formas musicales como el tondero e incluso tuvieron influjo en el campo político pues el ex presidente peruano Luis Miguel Sánchez Cerro, que gobernó aquel país en el tercer decenio del siglo XX, fue un «mangache».
